A respiração anaeróbia é um processo pelo qual os organismos produzem energia sem a presença de oxigênio. Este processo de produção de energia é muito comum em ambientes onde há falta de oxigênio, como no fundo de lagos e oceanos, onde a respiração aeróbia é impossível. Durante a respiração anaeróbia, os organismos usam compostos orgânicos como fonte de energia. A principal forma de respiração anaeróbia é a fermentação, onde os carboidratos são transformados em ácido lático ou etanol. A fermentação é um processo extremamente importante na indústria alimentar e de bebidas. A fermentação do açúcar é utilizada na produção de bebidas alcoólicas, tais como cerveja, vinho e destilados. Além disso, a fermentação é usada para fazer o pão, iogurte e outros alimentos. A respiração anaeróbia também é usada no tratamento de águas residuais. Os organismos anaeróbios são capazes de decompor resíduos orgânicos e remover nutrientes em sistemas de tratamento de esgoto. Embora a respiração anaeróbia seja uma maneira eficiente de produzir energia em ambientes com baixo teor de oxigênio, ela também pode ser prejudicial. A fermentação em excesso pode causar a morte de células e levar à produção de produtos químicos tóxicos. Além disso, a respiração anaeróbia pode causar a liberação de gás metano, que é um potente gás de efeito estufa.