O clima de Ixhuatlán del Sureste é caracterizado como tropical quente e úmido. A temperatura média anual gira em torno de 25 a 28 graus Celsius, com uma amplitude térmica relativamente baixa durante o ano. Durante a temporada de chuvas, que ocorre de maio a outubro, a região recebe uma grande quantidade de precipitação, com médias pluviométricas anuais acima de 1.500 milímetros. Os meses mais secos são entre novembro e abril. A alta umidade relativa do ar é uma característica marcante da região, que pode variar de 70% a 90%. Isso se deve às influências marítimas e à vegetação densa da região, que contribuem para manter a umidade em níveis elevados. As condições climáticas de Ixhuatlán del Sureste são ideais para o desenvolvimento de diversas culturas agrícolas, principalmente aquelas voltadas para o plantio de lavouras tropicais. A região é conhecida pela produção de coco, manga, laranja e banana. Além disso, a umidade alta favorece o crescimento de diversas espécies de plantas e flores ornamentais. No entanto, as fortes chuvas que ocorrem na região podem resultar em deslizamentos de terra e inundações, ocasionando prejuízos para os moradores da região. Por isso, é importante que as autoridades locais mantenham uma estrutura de contingência e alerta para minimizar os efeitos negativos das chuvas e garantir a segurança da população.